实验室集中布局在徐汇四教5楼和奉贤五教4楼，实现了集中使用和管理。中心日常管理措施到位，安全工作始终得到高度的重视，实验室由专业技术人员负责运行管理，整个实验室楼层安装了智能门禁系统。此外，学校资产与实验室管理处每年均组织实验室管理人员进行安全培训，并对仪器设备进行检查。

中心在运行过程中，始终严格执行国家安全与环保标准，配备干粉灭火器、消防栓等各种安全防护专用设备，实现防火、防爆、防盗、防破坏等措施，从而为学生及科研人员营造了一个安全的实验氛围。

中心强化安全与环保意识，定期对师生进行安全教育，努力优化实验室环境，确保实验室安全。学生在开展实验前，指导教师负责对学生进行安全教育和指导，新进实验室人员都必须先进行安全教育，掌握基本安全技能与防范措施，才能动手操作。